En 1812, les relations entre les États-Unis et l’Angleterre sont tendues et la guerre éclate à nouveau, elle va durer jusqu’en 1814. L’Angleterre, croyant à une nouvelle invasion toujours possible, décide de fortifier le Canada.

Vers 1830, à Québec, on complète la construction de la Citadelle et autres fortifications, telles que les Tours Martello. Pourtant, la ville de Québec ne sera plus jamais attaquée et ce système de défense ne servira jamais.

En échange, dès le début du XIXe siècle la ville bénéficie du commerce. À l’époque, la vapeur n’avait pas encore remplacé la voile et naviguer en amont de la ville, remontant le Saint-Laurent et traversant les étendues peu profondes du lac Saint-Pierre, s’avérait très difficile. Québec, étant le point d’arrêt de la navigation océanique, était le port le plus important qui liait l’océan et le continent.

À cette époque, l’arrivée massive d’immigrants façonne la vie de la ville. La plus grande partie des immigrants, c’était des Irlandais qui fuyaient leur île pour échapper à la famine.

Ils profitaient des offres spéciales des armateurs : après avoir déchargé leur cargaison en Europe, les vaisseaux avaient besoin de lester leur navire pour éviter des dangers lors du voyage de retour.

Au total, dans les premières décennies du XIXe siècle, 30 000 immigrants arrivaient chaque année à Québec.

Grâce à la demande de navires, la ville de Québec entreprend un vaste programme de construction navale, devenant l’un des grands pôles mondiaux dans ce secteur. Plus de mille cinq cents navires sont construits dans les chantiers navals de Québec de 1800 à 1850. La longue file de navires se trouve le long de la rivière Saint-Charles et à l’anse du Cul-de-sac.

Ce développement économique mène à une décision de première importance : le 31 mars 1831, la Chambre d’Assemblée du Bas-Canada vote «l’Acte pour incorporer la Cité de Québec». La sanction royale approuvant l’Acte, vient le 5 juin 1832. La ville de Québec obtient sa première charte (au même moment, la ville de Montréal en obtient une aussi). Le régime des juges de paix est annulé, l’administration de la ville est confiée à un maire et à des conseillers.

Cependant, la charte n’est pas renouvelée en 1836 en raison de la situation politique de l’époque. En 1841, Québec et Montréal se voient octroyer une nouvelle charte.